Многолетние цветы и травы используются в японских садах довольно редко, не смотря на то, что у японцев есть свои «культовые» растения ив этой группы: прежде всего, ирис и хризантема. В мифологии, живописи и поэзии, в контейнерной культуре и цветочной аранжировке, даже в кулинарии одним из излюбленных сюжетов в прямом или переносном смысле являются эти растения. В садах, пожалуй, наиболее распространены ирисы, листья которых напоминают мечи самураев, а форма куста символизирует стойкость и мужество. В Японии культивируют сорта группы японских ирисов (хана-шобу), они хорошо развиваются на влажных участках и больше подойдут для южных регионов России. В северных широтах их можно заменить сибирскими ирисами.

В осенний период украшением сада послужат хризантемы (кику). Это священные для японцев растения. Крупная желтая хризантема - символ солнца, потомками которого являются члены императорской семьи и такие растения редко используют «всуе», они  -  для особых случаев. А вот мелкоцветковые сорта различных оттенков, высаженные в контейнеры, отлично подойдут для украшения площадок, поворотов дорожки, входа в дом или беседку.

В течение всего сезона прекрасно смотрятся хосты (кибоуси), которые широко распространены в Японии в качестве декоративного, лекарственного и пищевого растения. Их высаживают большими группами у водоемов, дорожек, площадок, вдоль границ древесных и кустарниковых посадок.